五运六气是在天人合一、周期学、气一元论等理念下，以观天象制历为基础，运用天干地支等符号和一定的推演格局，推求值年及各运季时段的气候物候，以及对生命健康的影响，进而提出预测疾病、预测灾害及防治措施的术数体系。五运六气本属于术数，其诞生系多种学术聚集而成。
五运六气理论有三个组成部分，即医学气象历法、推演格局和联接运气要素的医学理论。包括气象病因学、五运六气病证纲领、气化理论、病机十九条、运气养生理论等。五运六气的内容，在《后汉书·方术列传》《晋书·天文志》《旧唐书·孙思邈传》都称为或属于“推步”之学。北宋以后，才以“五运六气”命为专名。
五运六气的演进发展
五运六气的系统理论，虽然出自唐代王冰在次注《素问》时所补入的“七篇大论”，但此理论从发生到形成，却与医学同步，是一个漫长的历史过程。经历了滥觞期、酝酿期、奠立期、隐传期、经传期等多个历史时期。
滥觞期——从远古到周代
此时期主要是产生了五运六气理论来源的知识，并提出了“五运”和“六气”的称谓。此期主要贡献是产生了天人合一的理念，开始了察天道以明人事的探索。
先民自形成社会以来，积累的关于天文、历法、气象、地理等以及它们与灾害、疾病关系的知识。先民从生活和生产的需要中总结经验，很早就“观乎天文，以察时变”（《易经·彖传·贲》），《淮南子·天文训》称：“仰以观于天文，俯以察于地理，是故知幽冥之故。”天体虽远，地域辽阔，因与生活生产关系（如农业、航海）密切，都是先发的古老科学。中国古代天文学偕时而进，有完整的历史，各时代继续不断地有记录，有发现，有创解。
中国古代天文学可以分为观象派和制历派两派。
观象派，如《周礼》的保章氏，春秋时代的梓慎、裨灶等人；
制历派，如《周礼》记载的冯相等。
殷商时有宇宙结构的盖天说，还有系统的干支记日法，以后逐渐建立起系统的立法。
中国古代历法丰富，据朱文鑫《历法通志·历法总目》记载，从*帝历起，到太平天国的天历止，一共有种历法。五运六气“推天道以明人事”，既观象又制历，以其一套独特的历法成为推演格局的历法。卢央先确认这是在种之外的独特历法，称“五运六气历”。滥觞期虽未形成系统的五运六气历，但《周礼·医师》已有郑玄注：“察天之五运，并时六气”，说明已经被列入医师的思考内容之一。
医学知识和灾害方面的知识及它们与天文气象的联系，也是萌发五运六气的来源。周代已有医师的分科与考核制度。中国古代常有瘟疫流行，自然灾害多发。它们都与天文气象因素密切相关。对这些相关资料的归纳，初步形成了五运六气的气候病因说，进而成为推演五运六气格局的理念。
推占类的术数也是五运六气理论的重要来源。在巫术文化的时代，巫觋们掌管祭祀、战争的决策和医疗。占卜是各方面预测的重要手段，又随着文化的演进不断发展。占卜形式有多种，有星占、龟占、鸟占、风占、梦占、*卜、筮占、五星占、杂占、式盘等。此诸占法不断擘发出学术内容，科学性和神秘性乃至迷信内容互相糅杂。殷末周初，术数中有些内容条理化为《周易》，之后又有“十翼”而为《易传》，成为中华第一部哲学著作。术数又称数术，成为“明堂羲和史卜之职也”。其中，八风占、望气占和五星占等，都是以观察星象气候以预测疾病，并在发展中式盘化，是五运六气的原始形式。
周代虽然是巫术与术数并行，但总趋势是巫术向术数发展，《国语》的“天六地五”，为五运六气的发轫铺盘了框架思路。
酝酿期——春秋战国时代
春秋战国时代是中国文化大发展的历史时期。中国古代天文学在这个时期初步确立了自己的独特体系。可以说，春秋战国时代为五运六气的成熟积累了资料，做了充分的理论准备。
随着天文观测资料的积累，人们逐步认识了天体运行的一定规律，进而作出理论上的概括，产生了对宇宙起源、结构和演化的推测，继盖天说之后，发端了浑天说和宣夜说（中医五运六气